Al parecer fue Francisco de Asís, fundador de la Orden Franciscana, el iniciador de la representación del nacimiento entre los años 1200 y 1226. En la Navidad de 1223, estando en la ermita de Greccio, una fuerza divina lo impulsó a reproducir en vivo el misterio del nacimiento, para lo que pidió la autorización al Pontífice Honorio III.

El hecho lo narra San Buenaventura y Tomás de Celano. San Buenaventura dice: "Tres años antes de su muerte, él (Francisco) quiso celebrar en Greccio el recuerdo del nacimiento del Niño Jesús, y deseó hacerlo con toda posible solemnidad, a fin de excitar mayormente la devoción de los fieles. Para que la cosa no fuese adjudicada a manía de novedad, primero pidió y obtuvo el permiso del Sumo Pontífice" (S, Buenaventura, Legenda Maior, c. X, n. 7).

Francisco, ayudado por un soldado llamado Juan de Grecio, comenzó los preparativos 15 días antes del 25 de diciembre. Eligió un lugar abierto donde pusieron un paño blanco, igual que sobre un altar y llevaron una gran cantidad de heno. Luego trasladaron un asno, un buey y gran cantidad de otros animales. Nueve días antes del 25 de diciembre convocó a todo el pueblo para celebrar una misa en presencia de la representación del nacimiento.

"Se celebra el rito solemne de la Misa sobre el Pesebre, y el sacerdote gusta un consuelo insólito. Francisco, se revistió de ornamentos diaconales, porque era diácono, y canta con voz sonora el santo Evangelio; aquella voz robusta, dulce, límpida, sonora, arrebata a todos en deseos de cielo. Después predica al pueblo y dice cosas dulcísimas sobre la natividad del rey pobre y sobre la pequeña ciudad de Belén. Frecuentes veces, también, cuando quería nombrar a Cristo Jesús, inflamado de inmenso amor, lo llamaba el Niño de Belén; y aquel nombre de Belén lo pronunciaba llenándose la boca de voz y más aún de tierno afecto, produciendo un sonido como balar de oveja; y cada vez en el nombrar Jesús o Niño de Belén, con la lengua se lamía los labios, como queriendo retener también con el paladar toda la dulzura de aquella palabra".

El papa Honorio III concedió indulgencia a todos los que asitieron a la ceremonia y el heno que se ocupó para el pesebre sirvió para sanar a las personas a y a los animales.

La idea de reproducir el nacimiento se popularizó rápidamente en todo el mundo cristiano. De los seres vivos se pasó a la utilización de figuras de barro.

Otra versión dice que el primer nacimiento se construyó en Nápoles, Italia, a finales del siglo XV y que estuvo hecho de figuras de barro. Carlos III ordenó que los belenes, llamados así en italiano, se popularizaran en todo el reino itálico y español.

En América, los frailes introdujeron las costumbres navideñas cristianas utilizándolas para la evangelización de los indígenas. Las iglesias contaban con sus belenes en sus templos. Las figuras de un belén podían ser de distintos tamaños, incluso de tamaño natural. Recreaban las distintas escenas que se recorren en el nacimiento del Niño Jesús, desde la búsqueda de la posada, el nacimiento, la anunciación del ángel a los pastores, la adoración y las ofrendas al Niño por parte de los Reyes Magos. El misterio de la Natividad representado en el pesebre se convirtió en una tradición indispensable en las culturas católicas, apostólicas y romanas. Hoy en día, los tamaños y elementos del pesebre varían de acuerdo al espacio y al acabado. En Chile y en Latinoamérica se acostumbra todavía hacer los pesebres en vivo.